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As atividades finalísticas do CDTN são estruturadas em macroprocessos conduzidos por três divisões técnicas: Divisão de Pesquisa e Desenvolvimento - DIPED, Divisão de Formação Especializada - DIFES e Divisão de Gestão da Inovação e Serviços - DIGIS, apoiadas pela Divisão de Gestão Administrativa - DIGEA, pelo Serviço de Gestão de Pessoas - SEGEP e pela Assessoria de Planejamento Estratégico e Qualidade - ASPEQ, conforme organograma abaixo.

O Centro é administrado pelo seu Diretor e pelo Conselho de Gestão Estratégica - CGE, formado pelo Vice-Diretor, pelos chefes de Divisão, chefe da Assessoria de Planejamento e Qualidade e pelo Chefe do Serviço de Gestão de Pessoas.

Diretoria do CDTN Conselho de Gestão Estratégica Assessoria de Planejamento Estratégico e Qualidade Seção de Administração do Plano Médico Regional Divisão de Gestão Administrativa Serviço Financeiro e Contábil Serviço de Suprimento e Patrimônio Serviço de Tecnologia da Informação Serviço de Engenharia e Manutenção Serviço de Logística Núcleo da Gerência de Contratos Divisão de Formação Especializada Programa de Pós-graduação Seção de Ensino e Informação Divisão de Gestão da Inovação e Serviços Núcleo de Inovação Tecnológica Divisão de Pesquisa e Desenvolvimento Serviço de Gestão de Pessoas Seção de Pessoal Núcleo de Saúde do Trabalhador Divisão de Segurança Nuclear e Radiológica Seção de Dosimetria das Radiações Serviço de Integridade Estrutural e Materiais Nucleares Serviço de Nanotecnologia Serviço de Tecnologia Mineral Serviço de Gerencia de Rejeitos Serviço de Análise e Meio Ambiente Serviço de Tecnologia de Reatores Serviço de Tecnologia de Reatores Serviço de Radiofármacos e Irradiações Núcleo do Laboratório de Irradiação Gama Image Map
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